La zone de régénération utilise un substrat inerte, tel que le sable ou le gravier mais pas de terrain végétal car cela apporterait des niveaux élevés en aliments à l'eau et contrecarrerait les effets nettoyants des plantes, tout en contribuant au processus d'envasement. En plantant les plantes aquatiques dans le bardeau, elles doivent tirer leurs aliments de l'eau elle-même et ainsi nettoyer la piscine. En outre, en coupant et en enlevant les plantes mortes chaque automne, les impuretés sont physiquement enlevées de l'eau. Une écumoire extérieure de feuille peut être également employée pour aider à enlever les débris flottants sur l'eau. L'envasement, la végétation morte, la poussière et d'autres détritus se formeront toujours dans n'importe quelle eau superficielle. Cela peut facilement être enlevé par un vide ou un système de purge au fond mais cela dépend de la taille et de l'endroit de la piscine.
On construira un fossé de drainage complètement autour de la piscine pour s'assurer qu'aucun écoulement de l'eau n'entre dans la piscine ne causant de ce fait une différence du pH et de la qualité de l'eau.
Beaucoup de gens pensent que le coût de construction d'une piscine naturelle est considérablement meilleur marché qu'une piscine conventionnelle. Ce n'est malheureusement pas le cas dû aux nombreuses complexités d'une piscine naturelle aussi bien les procédés de construction. Actuellement le coût moyen est d'approximativement 500€ par mètre carré avec une taille minimum de 50 mètres carrés. Des piscines existantes peuvent facilement être converties en piscine naturelle pour autant qu'il y ait de l'espace pour la zone de régénération (comme subdivision ou comme piscine séparée).